Coverage for test/test_cli.py: 100%

1import os 

2from pathlib import Path 

3 

4import pytest 

5 

6import peakipy.cli.main 

7from peakipy.cli.main import PeaklistFormat, Lineshape 

8from peakipy.io import StrucEl 

9 

10 

11@pytest.fixture 

12def protein_L(): 

13 path = Path("test/test_protein_L") 

14 return path 

15 

16 

17def test_read_main_with_default_pipe(protein_L): 

18 args = dict( 

19 peaklist_path=protein_L / Path("test.tab"), 

20 data_path=protein_L / Path("test1.ft2"), 

21 peaklist_format=PeaklistFormat.pipe, 

22 ) 

23 peakipy.cli.main.read(**args) 

24 

25 

26def test_read_main_with_default_analysis(protein_L): 

27 args = dict( 

28 peaklist_path=protein_L / Path("peaks.a2"), 

29 data_path=protein_L / Path("test1.ft2"), 

30 peaklist_format=PeaklistFormat.a2, 

31 ) 

32 peakipy.cli.main.read(**args) 

33 

34 

35def test_read_main_with_default_sparky(protein_L): 

36 args = dict( 

37 peaklist_path=protein_L / Path("peaks.sparky"), 

38 data_path=protein_L / Path("test1.ft2"), 

39 peaklist_format=PeaklistFormat.sparky, 

40 ) 

41 peakipy.cli.main.read(**args) 

42 

43 

44def test_read_main_with_strucel_square(protein_L): 

45 args = dict( 

46 peaklist_path=protein_L / Path("peaks.sparky"), 

47 data_path=protein_L / Path("test1.ft2"), 

48 peaklist_format=PeaklistFormat.sparky, 

49 struc_el=StrucEl.square, 

50 ) 

51 peakipy.cli.main.read(**args) 

52 

53 

54def test_read_main_with_strucel_rectangle(protein_L): 

55 args = dict( 

56 peaklist_path=protein_L / Path("peaks.sparky"), 

57 data_path=protein_L / Path("test1.ft2"), 

58 peaklist_format=PeaklistFormat.sparky, 

59 struc_el=StrucEl.rectangle, 

60 struc_size=(3, 3), 

61 ) 

62 peakipy.cli.main.read(**args) 

63 

64 

65def test_read_main_with_mask_method(protein_L): 

66 args = dict( 

67 peaklist_path=protein_L / Path("peaks.sparky"), 

68 data_path=protein_L / Path("test1.ft2"), 

69 peaklist_format=PeaklistFormat.sparky, 

70 struc_el=StrucEl.mask_method, 

71 struc_size=(1, 1), 

72 ) 

73 peakipy.cli.main.read(**args) 

74 

75 

76def test_read_main_with_mask_method_fuda(protein_L): 

77 args = dict( 

78 peaklist_path=protein_L / Path("peaks.sparky"), 

79 data_path=protein_L / Path("test1.ft2"), 

80 peaklist_format=PeaklistFormat.sparky, 

81 struc_el=StrucEl.mask_method, 

82 struc_size=(1, 1), 

83 fuda=True, 

84 ) 

85 peakipy.cli.main.read(**args) 

86 

87 

88def test_fit_main_with_default(protein_L): 

89 args = dict( 

90 peaklist_path=protein_L / Path("test.csv"), 

91 data_path=protein_L / Path("test1.ft2"), 

92 output_path=protein_L / Path("fits_PV.csv"), 

93 ) 

94 peakipy.cli.main.fit(**args) 

95 

96 

97def test_fit_main_with_centers_floated(protein_L): 

98 args = dict( 

99 peaklist_path=protein_L / Path("test.csv"), 

100 data_path=protein_L / Path("test1.ft2"), 

101 output_path=protein_L / Path("fits_PV_centers_floated.csv"), 

102 fix=["fraction", "sigma"], 

103 ) 

104 peakipy.cli.main.fit(**args) 

105 

106 

107def test_fit_main_with_centers_bounded(protein_L): 

108 args = dict( 

109 peaklist_path=protein_L / Path("test.csv"), 

110 data_path=protein_L / Path("test1.ft2"), 

111 output_path=protein_L / Path("fits_PV_centers_bounded.csv"), 

112 fix=["fraction", "sigma"], 

113 xy_bounds=[0.01, 0.1], 

114 ) 

115 peakipy.cli.main.fit(**args) 

116 

117 

118def test_fit_main_with_sigmas_floated(protein_L): 

119 args = dict( 

120 peaklist_path=protein_L / Path("test.csv"), 

121 data_path=protein_L / Path("test1.ft2"), 

122 output_path=protein_L / Path("fits_PV_sigmas_floated.csv"), 

123 fix=["fraction", "center"], 

124 ) 

125 peakipy.cli.main.fit(**args) 

126 

127 

128def test_fit_main_with_vclist(protein_L): 

129 args = dict( 

130 peaklist_path=protein_L / Path("test.csv"), 

131 data_path=protein_L / Path("test1.ft2"), 

132 output_path=protein_L / Path("fits_PV.csv"), 

133 vclist=protein_L / Path("vclist"), 

134 ) 

135 peakipy.cli.main.fit(**args) 

136 

137 

138def test_fit_main_with_gaussian(protein_L): 

139 args = dict( 

140 peaklist_path=protein_L / Path("test.csv"), 

141 data_path=protein_L / Path("test1.ft2"), 

142 output_path=protein_L / Path("fits_G.csv"), 

143 lineshape=Lineshape.G, 

144 ) 

145 peakipy.cli.main.fit(**args) 

146 

147 

148def test_fit_main_with_lorentzian(protein_L): 

149 args = dict( 

150 peaklist_path=protein_L / Path("test.csv"), 

151 data_path=protein_L / Path("test1.ft2"), 

152 output_path=protein_L / Path("fits_L.csv"), 

153 lineshape=Lineshape.L, 

154 ) 

155 peakipy.cli.main.fit(**args) 

156 

157 

158def test_fit_main_with_voigt(protein_L): 

159 args = dict( 

160 peaklist_path=protein_L / Path("test.csv"), 

161 data_path=protein_L / Path("test1.ft2"), 

162 output_path=protein_L / Path("fits_V.csv"), 

163 lineshape=Lineshape.V, 

164 ) 

165 peakipy.cli.main.fit(**args) 

166 

167 

168def test_fit_main_with_pv_pv(protein_L): 

169 args = dict( 

170 peaklist_path=protein_L / Path("test.csv"), 

171 data_path=protein_L / Path("test1.ft2"), 

172 output_path=protein_L / Path("fits_PV_PV.csv"), 

173 lineshape=Lineshape.PV_PV, 

174 ) 

175 peakipy.cli.main.fit(**args) 

176 

177 

178def test_check_main_with_default(protein_L): 

179 args = dict( 

180 fits_path=protein_L / Path("fits_PV.csv"), 

181 data_path=protein_L / Path("test1.ft2"), 

182 clusters=[1], 

183 first=True, 

184 label=True, 

185 show=True, 

186 test=True, 

187 individual=True, 

188 ) 

189 peakipy.cli.main.check(**args) 

190 

191 

192def test_check_main_with_gaussian(protein_L): 

193 args = dict( 

194 fits_path=protein_L / Path("fits_G.csv"), 

195 data_path=protein_L / Path("test1.ft2"), 

196 clusters=[1], 

197 first=True, 

198 label=True, 

199 show=True, 

200 test=True, 

201 individual=True, 

202 ) 

203 peakipy.cli.main.check(**args) 

204 

205 

206def test_check_main_with_lorentzian(protein_L): 

207 args = dict( 

208 fits_path=protein_L / Path("fits_L.csv"), 

209 data_path=protein_L / Path("test1.ft2"), 

210 clusters=[1], 

211 first=True, 

212 label=True, 

213 show=True, 

214 test=True, 

215 individual=True, 

216 ) 

217 peakipy.cli.main.check(**args) 

218 

219 

220def test_check_main_with_voigt(protein_L): 

221 args = dict( 

222 fits_path=protein_L / Path("fits_V.csv"), 

223 data_path=protein_L / Path("test1.ft2"), 

224 clusters=[1], 

225 first=True, 

226 label=True, 

227 show=True, 

228 test=True, 

229 individual=True, 

230 ) 

231 peakipy.cli.main.check(**args) 

232 

233 

234def test_check_main_with_pv_pv(protein_L): 

235 args = dict( 

236 fits_path=protein_L / Path("fits_PV_PV.csv"), 

237 data_path=protein_L / Path("test1.ft2"), 

238 clusters=[1], 

239 first=True, 

240 label=True, 

241 show=True, 

242 test=True, 

243 individual=True, 

244 ) 

245 peakipy.cli.main.check(**args) 

246 

247 

248def test_check_panel_PVPV(protein_L): 

249 args = dict( 

250 fits_path=protein_L / Path("fits_PV_PV.csv"), 

251 data_path=protein_L / Path("test1.ft2"), 

252 test=True, 

253 panel=True, 

254 ) 

255 peakipy.cli.main.check(**args) 

256 

257 

258def test_check_panel_PV(protein_L): 

259 args = dict( 

260 fits_path=protein_L / Path("fits_PV.csv"), 

261 data_path=protein_L / Path("test1.ft2"), 

262 test=True, 

263 panel=True, 

264 ) 

265 peakipy.cli.main.check(**args) 

266 

267 

268def test_check_panel_V(protein_L): 

269 args = dict( 

270 fits_path=protein_L / Path("fits_V.csv"), 

271 data_path=protein_L / Path("test1.ft2"), 

272 test=True, 

273 panel=True, 

274 ) 

275 peakipy.cli.main.check(**args) 

276 

277 

278def test_edit_panel(protein_L): 

279 args = dict( 

280 peaklist_path=protein_L / Path("test.csv"), 

281 data_path=protein_L / Path("test1.ft2"), 

282 test=True, 

283 ) 

284 peakipy.cli.main.edit(**args)